HACCPは、1960年代に、アメリカの宇宙計画の一環として、宇宙食の開発を担当したPillsbury社のバウマン博士(M.Bauman)らが、航空宇宙局(NASA)と米軍Natick研究所と共同で開発したもので、1971年「米国食品防護委員会」でこの構想が初めて公表されたものである。この構想は、直ちにFDAで受け入れられ「低酸性缶詰食品のGMP」
(1973)の策定に当ってはこのHACCP方式が組み入れられた。FDAでは缶詰食品のHACCP方式について特訓を受けた食品衛生監視員を数ヵ所の工場で数ヵ月にわたり配置して、綿密かつ広範な調査を実施し、その結果に基づいて缶詰食品のGMPが作られたという。現在もこの方式による缶詰工場の自主衛生管理とそれに対する監視・指導が行われ、安全で良い品質の缶詰食品の生産に寄与している。
1988年、NACMCF(米国食品の微生物基準に関する諮問委員会)では、HACCPに関する7つの原則や食品の危険度分類などの新しい考え方と公表した。
1990年、NOA/NMFS(米国海洋大気庁/海洋漁業局)では、HACCP概念に基づく新水産物監視計画を発表した。この計画は輸入水産物に対しても適用されるもので、当初は自主衛生管理方式の形でスタートしたが、FDAでは、1994年1月28日付けで強制力を有する規制方式に切り換えると発表した。その後、1997年4月現在、水産食品へのHACCPの導入がすでに最終決定され、1997年12月18日、水産食品に対して、HACCP導入が実施された。輸出国対策については、輸出国の法的規制、HACCPに基づく衛生管理、検査制度等について、比較対照し、同等性が認められる国と合意を行っていくこととしており、現在ニュージーランド、と交渉中であり、今後、アイスランド、欧州連合、チリ、日本等と協議を進めていきたい方針である。しかし、FDAでは、個別システムのHACCPによる管理システムを認証することは予定されていない。
一方、食肉、食肉加工品分野でのHACCPは、米国農務省(USDA)のFSIS(Pood
Safety and lnspection Service、食品安全検査局)が担当している。
FSISは、1995年2月に、食肉、食肉加工品分野へのHACCPシステムによる衛生管理の導入を提案したが、1996年3月の段階で業界との調整で最終決定に至っていない段階であった。その後、HACCPの導入規則は1996年7月に最終決定された。
この規則では、各施設でのHACCPによる衛生管理の内容をFSISが認可を行うことはなく、あくまで微生物の抜き取り検査によって、その内容が適切であるか否かを判断していくこととしており、個別施設のHACCP計画による衛生管理の内容について責任を持たない。1997年1月25日一般的衛生管理から実施することに決定した。6ヵ月間猶予期間で実施することになった。HACCPについては1.5から3.5年の期間で行うことになった。